Цель проекта: предсказание и аннотирование альтернативных стартов транскрипции, а также энхансеры в геноме курицы, активные в различных тканях.
Резюме проекта: геномные энхансеры регулируют экспрессию генов эукариот. Недавно были достигнуты успехи по выделению энхансерных РНК, что позволяет анализировать активность энхансеров с помощью инструментов высокопроизводительного РНК-секвенирования, в частности, экспериментов кэп-анализа генной экспрессии (CAGE-seq). В настоящее время активно развиваются проекты по аннотации геномных энхансеров и энхансерных РНК, на основе, в том числе, и данных экспериментов CAGE-seq. Подходы, основанные на транскриптомных данных, чаще всего используют относительно грубые методы предсказания энхансеров, основанные на принципе кластеризации двунаправленных стартов транскрипции (DPI1) по расстоянию между сайтами меток CAGE и фиксированном фланкировании предсказанных районов (eRNA-DB, FANTOM). Таким образом, актуально более точное предсказание локусов энхансерных РНК на основе транскриптомных данных. Для более точного предсказания энхансеров были разработаны методы на основе скрытых марковских моделей (HMM) геномных последовательностей. Одним из последних методов, не зависящим от параметра порога, является eHMM.
Проект, вошедший в число победителей в рамках открытого публичного конкурса на получение грантов Российского научного фонда по мероприятию «Проведение фундаментальных научных исследований и поисковых научных исследований малыми отдельными научными группами» (региональный конкурс), реализуется при поддержке Российского научного фонда и федеральной территории «Сириус» (паритетное финансирование).
