Проект территории
Критерии отбора, инструменты оценки и оценочные материалы формируются авторами образовательных модулей и могут включать:
- Оценку знаний по профильным дисциплинам
- Оценку научных, образовательных и карьерных достижений
o Участие в научных мероприятиях
o Участие в научных проектах
o Преподавательская деятельность
o Опыт работы в профессиональной сфере
- Оценку soft-skills компетенций
o Критическое и стратегическое мышление
o Креативность
o Коммуникация и умение работать в команде
o Лидерство
Оборудование лаборатории геномного анализа и биоинформатики позволяет проводить комплексные генетические исследования, включая выделение нуклеиновых кислот, амплификацию целевых фрагментов генома и их анализ методами секвенирования. Так, автоматическая станция для выделения нуклеиновых кислот QIAcube (Qiagen) позволяет получать высоко очищенную ДНК и РНК из биологических образцов, гомогенизатор Tissue Lyser LT (Qiagen) осуществляет измельчение биологического материала при помощи металлических шариков, существенно увеличивая выход целевого продукта. Количество полученного материала может быть оценено на флуорометре Qubit или спектрофотометре NanoDrop One, а приготовление растворов для проведения экспериментов – при помощи автоматической прецизионной системы дозирования жидкостей QIAgility (Qiagen).
ПЕРЕЧЕНЬ ЛАБОРАТОРНОГО ОБОРУДОВАНИЯ
Для дальнейшей амплификации ДНК могут быть использованы как стандартные ПЦР-амплификаторы (MiniAmp™ Plus и Veriti™, Applied Biosystems), так и ПЦР-амплификаторы в реальном времени (QuantStudio™ 3 и 6, Qiagen), позволяющие определять уровень экспрессии целевого гена в биологическом образце и сравнивать пробы между собой. Визуализацию полученного ПЦР продукта можно осуществить при помощи системы горизонтального электрофореза с дальнейшим документированием на одном из приборов (Gel Doc, BioRad или iBright, Thermo Scientific), а также с использованием системы капиллярного гель-электрофореза QIAxcel Advanced System (Qiagen).
Кроме того, в Центре генетики и наук о жизни имеются два секвенатора. Один из них, пиросеквенатор PyroMark Q48 (Qiagen), может быть использован для изучения степени метилирования ДНК, а нанопоровый секвенатор MinION – для чтения длинных последовательностей ДНК.
Для решения образовательных и научно-исследовательских задач Университета в области высокопроизводительных вычислений, хранения и анализа больших данных создан вычислительный кластер.
ТЕХНИЧЕСКИЕ ХАРАКТЕРИСТИКИ ЦЕНТРА ОБРАБОТКИ ДАННЫХ
Вычислительная инфраструктура кластера состоит из следующих модулей:
-
Модуль параллельных вычислений предназначен для выполнения высокопроизводительных программ, с поддержкой парадигм MPI, OpenMPI и представляет собой высокопроизводительную вычислительную кластерную систему. Совокупная мощность однородного вычислительного поля составляет 1440 вычислительных ядер с объемом оперативной памяти 7,2 GB на ядро, 77 TFLOPS. В качестве системного программного обеспечения используется операционная система Linux CentOS и стек утилит из набора OpenHPC. Обеспечивается развертывание вычислительных узлов с помощью единого образа, поддерживаются централизованное управление, администрирование и мониторинг.
-
Модуль виртуализации представляет собой среду облачных вычислений и предназначен для предоставления унифицированных вычислительных ресурсов: виртуальных машин, блочных и объектных хранилищ, виртуальных сетей, кластеров хранения и анализа больших данных, контейнеров Machine Learning и CUDA вычислений, контейнеры виртуальных рабочих столов и т.д. В качестве базовых технологий организации облачной среды на основе виртуальных машин и контейнеров (уровень IaaS) используются специально настроенные пакеты: OpenStack и Docker.
- Модуль долгосрочного хранения данных обеспечивает надежное, эффективное долгосрочное хранение данных пользователей. Реализован на базе распределенной файловой системы Ceph общим объемом 3,5 PB дискового пространства.